#全局配置
limit_req_zone $anti_spider zone=anti_spider:10m rate=15r/m;

#某个server中
 limit_req zone=anti_spider burst=30 nodelay;
 if ($http_user_agent ~* "xxspider|xxbot") {
 set $anti_spider $http_user_agent;
}

超过设置的限定频率，就会给spider一个503。
上述配置详细解释请自行google下，具体的spider/bot名称请自定义。

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